28 января 1773 года был разработан план нового здания, представленный кубинским инженером и архитектором Антонио Фернандесом. Паласио-де-лос-Капитанес-Хенералес был построен на месте снесенной церкви в соответствии с величием развивающего города. Многие материалы, использованные при строительстве, были импортированы из разных стран, чтобы обеспечить лучшее качество. Так, кирпич привезли из Малаги, кованые решетки из Бильбао, а мрамор из Генуи. Но, несмотря на то, что для здания было абсолютно все готово, строили его до 1792 года.
Первоначально в Паласио-де-лос-Капитанес-Хенералес находилась резиденция губернатора и публичные тюрьмы, также там проводились встречи городского совета. Тюрьмы были закрыты в 1834 году. В 1898 году последний из колониальных губернаторов освободил здание для американских военных губернаторов в соответствии с положениями Парижского договора. Они пробыли там до 1902 года и здание перешло в статус президентского дворца Республики Куба до 1920 года.
Сейчас Паласио-де-лос-Капитанес-Хенералес продолжает свое существование как Городской музей.
